Сливные цистерны предназначены для сбора сточно-фекальных и льяльных вод. Бункеры предварительного охлаждения забортной воды используют для обеспечения подачи холодной воды в бункеры-аккумуляторы хранения улова до его поступления в производственные помещения. Вкладные цистерны рыбьего жира служат для хранения и доставки его в порт.

Грузовые трюмы и твиндеки на современных промысловых судах в основном рефрижераторные, их внутреннюю поверхность покрывают изоляцией для уменьшения теплообмена с внешней средой. Низкую температуру в трюме обеспечивает рефрижераторная установка, которая может иметь либо батарейную систему охлаждения (охлаждающие бортовые и потолочные батареи расположены вдоль всего трюма), либо воздушную (с каналами или без каналов).

При батарейной системе бортовые батареи ограждают защитной решеткой, при воздушной - в специальной выгородке трюма устанавливают воздухоохладители, а охлажденный воздух подается вентиляторами либо в бортовые или напольные перфорированные (или с решетками) каналы, через которые он поступает в трюм, либо сразу в трюм.

В последние годы получила распространение конструкция изоляции рефрижераторных трюмов и твиндеков без традиционной 50-миллиметровой воздушной прослойки между обшивкой корпуса и изолирующей конструкцией. Образующийся конденсат изоляции отводят в специальные колодцы с помощью дренажной системы.

При установке на судах с двойным дном деревянного настила его толщина должна быть не менее 50 мм при L < 60 м и не менее 65 мм при L > 60 м, а под просветом грузового люка в случае, если предусматривается разгрузка трюма механизированными приспособлениями, - удвоенной. К трюму готовую продукцию подают с помощью транспортеров, а в трюм - с помощью люлечных элеваторов, гравитационных спиральных или гравитационных спусков.

Внутритрюмную механизацию с учетом размеров трюма обеспечивают установкой стационарных или передвижных ленточных конвейеров, различных автопогрузчиков и штабелеукладчиков. При наличии твиндеков передвижные конвейеры перемещают по специальным направляющим из твиндеков в твиндек, а автопогрузчики - при помощи грузового устройства судна.